രണ്ട് അന്വേഷണ ഏജൻസികൾ, രണ്ട് കുറ്റപത്രം ഷുക്കൂര്‍ വധക്കേസില്‍ ആദ്യം ലോക്കൽ പോലീസും പിന്നീട് സിബിഐയും കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചപ്പോൾ രണ്ട് അന്വേഷണ ഏജന്‍സികള്‍ അന്വേഷണം നടത്തുകയും രണ്ട് ഏജന്‍സികള്‍ കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്തുവെന്ന പ്രത്യേകതയും ഉണ്ട്. വളപട്ടണം സിഐയായിരുന്ന യു. പ്രേമന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ലോക്കല്‍ പോലീസ് അന്വേഷണം നടത്തിയ ഈ കേസില്‍ 118-ാം വകുപ്പ് പ്രകാരം പി. ജയരാജനെയും ടി.വി. രാജേഷിനെയും അറസ്റ്റ് ചെയ്തിരുന്നു. ഇവരുള്‍പ്പെടെയുള്ള പ്രതികളുടെ കുറ്റപത്രം 2012 ഓഗസ്റ്റ് 23ന് സിഐ യു. പ്രേമന്‍ തലശേരി കോടതിയില്‍ സമര്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്തു.
ഒന്നു മുതല്‍ 27 വരെയുള്ള പ്രതികള്‍ക്കെതിരേ സംഘം ചേര്‍ന്ന് ആക്രമിക്കൽ, തട്ടിക്കൊണ്ടുപോകല്‍, വധശ്രമം, കൊലപാതകം, തുടങ്ങിയ കുറ്റങ്ങളും പി. ജയരാജന്‍ ഉള്‍പ്പെടെ 28 മുതല്‍ 33 വരെയുള്ള പ്രതികള്‍ക്കെതിരേ 118 പ്രകാരം കുറ്റകൃത്യം അറിഞ്ഞിട്ടും മറച്ചുവച്ചുവെന്നുമാണ് ലോക്കല്‍ പോലീസ് കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറഞ്ഞിരുന്നത്. ഇതിനെതിരേയാണ് ഷുക്കൂറിന്‍റെ അമ്മ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. ഷുക്കൂറിന്‍റെ അമ്മ ആത്തിക്ക നല്‍കിയ ഹർജിയെ തുടര്‍ന്ന് ‘ഈ അമ്മയുടെ നിലവിളി കേള്‍ക്കാതിരിക്കാന്‍ കഴിയില്ലാ’യെന്ന പരമാര്‍ശത്തോടെ 2016 ഫെബ്രുവരി എട്ടിനാണ് ജസ്റ്റീസ് കമാല്‍ പാഷ സിബിഐ അന്വേഷണത്തിന് ഉത്തരവിട്ടത്.
പി. ജയരാജന്‍, ടി.വി. രാജേഷ് എന്നിവര്‍ക്കെതിരേ കൊലക്കുറ്റവും ക്രിമിനല്‍ ഗൂഢാലോചനയും ചുമത്തി 2019 ജനുവരി നാലിനാണ് അഡീഷണല്‍ എസ്പി ഹരികുമാറിന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സിബിഐ സംഘം കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ചത്. ഇന്ത്യന്‍ ശിക്ഷാ നിയമം 302, 120 ബി തുടങ്ങിയ വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരം ഇരുവരും കുറ്റക്കാരാണെന്നാണ് സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നത്.
രണ്ട് മാധ്യമ പ്രവര്‍ത്തകരുടെയും രണ്ട് മുസ്‌ലിം ലീഗ് പ്രവര്‍ത്തകരുടെയും മൊഴിയടങ്ങിയ കുറ്റപത്രത്തില്‍ പി. ജയരാജനുള്‍പ്പെടെ 28 മുതല്‍ 33 വരെയുള്ള പ്രതികള്‍ ക്രിമിനല്‍ ഗൂഢാലോചന നടത്തിയാണ് ഷുക്കൂറിനെ കൊലപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ളതെന്ന് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. പി. ജയരാജന്‍ കിടന്ന മുറിക്കുള്ളില്‍വച്ചും പുറത്തുവച്ചും ഗൂഢാലോചന നടത്തിയതായി സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തില്‍ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
കേസിൽ 33 പ്രതികൾ 33 പ്രതികളുള്ള ഈ കേസിൽ 20-ാം പ്രതി സരീഷ് മരണമടഞ്ഞിരുന്നു. 23-ാം പ്രതി കണ്ണപുരത്തെ അജയകുമാർ വിദേശത്താണുള്ളത്. ഡിവൈഎഫ്ഐ കണ്ണപുരം വില്ലേജ് കമ്മറ്റി അംഗം കെ.വി. സുമേഷ് (27), ഡിവൈഎഫ്ഐ പാപ്പിനിശേരി ബ്ലോക്ക് ജോയിന്റ് സെക്രട്ടറി കണ്ണപുരത്തെ പി. ഗണേശൻ (35), ഡിവൈഎഫ്ഐ കണ്ണപുരം വെസ്റ്റ് വില്ലേജ് കമ്മിറ്റി അംഗം പി. അനൂപ് (32), സിപിഎം ചേര ബ്രാഞ്ച് സെക്രട്ടറി വിജേഷ് എന്ന ബാബു (27), മൊറാഴയിലെ കെ. പ്രകാശൻ, അരിയിൽ വി. ഉമേശൻ, സിപിഎം കീഴറ ബ്രാഞ്ച് സെക്രട്ടറി പി. പവിത്രൻ, ഡിവൈഎഫ് മൊറാഴ യൂണിറ്റ് പ്രസിഡന്‍റ് സി.എ. ലതീഷ് (29), പാലങ്ങോട് വളപ്പിൽ മനോഹരൻ, നടുവിലെ പുരയിൽ ദിനേശൻ എന്ന മൈന ദിനേശൻ, മൊറാഴയിലെ ചോവാൻ നാരോത്ത് സി.എൻ. മോഹനൻ, സിപിഎം ജില്ലാ കമ്മറ്റി അംഗം വാടി രവിയുടെ മകൻ ബിജുമോൻ (32), കീഴറയിലെ നിധിൻ (29), വള്ളുവൻകടവിൽ എരിയിൽപോള രാധാകൃഷ്ണൻ, മാടായി കോളജ് എസ്എഫ്ഐ യൂണിറ്റ് പ്രസിഡന്‍റ് ഷിജിൻ മോഹൻ (21), സിപിഎം കണ്ണപുരം ടൗണ്‍ സെൻട്രൽ ബ്രാഞ്ച് സെക്രട്ടറി കെ.വി. സജിത്ത് (30), കെഎസ്ആർടിസി ജീവനക്കാരൻ മൊറാഴയിലെ സുധാകരൻ (38), ഇപ്പോഴത്തെ സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി എം.വി. ഗോവിന്ദന്റെ മകൻ ശ്യാംജിത്ത്, പെരിയാട്ടെ കെ.വി. ഷാജി (34), മൊറാഴയിലെ പ്രകാശൻ (37), പട്ടുവത്തെ രാജീവൻ (42), വള്ളുവൻകാട് നടുവിലെ പുരയിൽ വി.വി. മോഹനൻ, മേലത്തുവളപ്പിൽ പുരുഷോത്തമൻ, ഫയർഫോഴ്സ് ജീവനക്കാരനായ കോലത്ത് വീട്ടിൽ അജിത്ത്കുമാർ, പട്ടുവം എടമുട്ട് പടിഞ്ഞാറെ പുരയിൽ പി.പി. സുരേശൻ, സിപിഎം അരിയിൽ ബ്രാഞ്ച് സെക്രട്ടറി കാരക്കാടൻ ബാബു, അരിയിൽ ലോക്കൽ സെക്രട്ടറിയും ഏഴോം സർവീസ് സഹകരണ ബാങ്ക് ജീവനക്കാരനുമായ യു.വി. വേണു, ഡിവൈഎഫ്ഐ ജില്ലാ കമ്മറ്റി അംഗം ആന്തൂർ വീട്ടിൽ ബാബു, അന്നത്തെ സിപിഎം ജില്ലാ സെക്രട്ടറി പി. ജയരാജൻ, ടി.വി. രാജേഷ് എന്നിവരാണ് പ്രതികൾ.