പാർട്ടി സമ്മേളനത്തിന്‍റെ സമാപനദിവസം പാർട്ടി പത്രത്തിൽ വിവാദവ്യവസായി വി.എം. രാധാകൃഷ്ണന്‍റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള സൂര്യ ഗ്രൂപ്പിന്‍റെ ആശംസാപരസ്യം നൽകിയത് വിവാദമായി. പത്രത്തിന് ഏതു വ്യക്തിയുടെയും സ്ഥാപനത്തിന്‍റെയും കൈയിൽനിന്നു പരസ്യം വാങ്ങാമെന്നായിരുന്നു ജയരാജന്‍റെ ന്യായീകരണം. പിന്നീട് തിരുവനന്തപുരത്തു പാർട്ടി ഓഫീസ് പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന 32 സെന്‍റ് സ്ഥലം ഇതേ വ്യവസായിക്കു ബിനാമിയിലൂടെ വിൽപന നടത്തിയെന്ന വിവാദവും ഉയർന്നുവന്നു.
►പാപ്പിനിശേരിയിലെ വിവാദ പാർക്ക്◄
പാപ്പിനിശേരിയിൽ നിർമാണത്തിനു തുടക്കം കുറിച്ച തീം പാർക്കും വിവാദത്തിൽ പെട്ടു. പാർക്ക് നിർമിക്കുന്നതു കണ്ടൽക്കാടുകൾ നശിപ്പിച്ചുകൊണ്ടാണെന്നു പറഞ്ഞു പരിസ്ഥിതി പ്രവർത്തകർ രംഗത്തുവന്നു. കോണ്ഗ്രസും പ്രതിഷേധം കടുപ്പിച്ചു. ഈ വിഷയത്തിൽ പാർട്ടി ജയരാജനൊപ്പം നിന്നെങ്കിലും കേന്ദ്ര പരിസ്ഥിതി മന്ത്രാലയം ഇടപെട്ട് പാർക്ക് അടച്ചുപൂട്ടിച്ചു.
►ബന്ധുനിയമന വിവാദം◄
ഒന്നാം പിണറായി വിജയൻ മന്ത്രിസഭയിൽ രണ്ടാമനായിരുന്നു ഇ.പി. ജയരാജൻ. എന്നാൽ സ്വന്തം വകുപ്പിനു കീഴിലുള്ള സ്ഥാപനങ്ങളിൽ സ്വന്തക്കാർക്കു നിയമനം നൽകിയെന്ന വിവാദം കത്തിപ്പടർന്നപ്പോൾ ജയരാജനു മന്ത്രിസ്ഥാനം നഷ്ടപ്പെട്ടു. അധികാരത്തിലെത്തി അഞ്ചു മാസമായപ്പോഴായിരുന്നു പടിയിറക്കം. പിന്നീട് വിജിലൻസ് അന്വേഷണത്തിൽ കുറ്റക്കാരനല്ലെന്നു കണ്ടെത്തിയതിനെത്തുടർന്ന് 2018ൽ മന്ത്രിസഭയിൽ മടങ്ങിയെത്തി.
►അഞ്ജു ബോബി ജോർജ് വിവാദം◄
സ്പോർട്സ് കൗണ്‍സിൽ പ്രസിഡന്‍റ് ആയിരുന്ന അഞ്ജു ബോബി ജോർജിനെ സെക്രട്ടേറിയറ്റിൽ വിളിച്ചുവരുത്തി കായികവകുപ്പിന്‍റെ ചുമതലയുണ്ടായിരുന്ന ജയരാജൻ രൂക്ഷമായി ശാസിച്ചു. കൗണ്‍സിലിൽ ഉള്ളവരെല്ലാം അഴിമതിക്കാരാണെന്നു ജയരാജൻ പറഞ്ഞു. മന്ത്രി അപമാനിച്ചു എന്നു പറഞ്ഞ് അഞ്ജു ബോബി ജോർജ് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനു പരാതി നൽകി. അന്നു പിണറായി അഞ്ജുവിനെ ആശ്വസിപ്പിച്ചു വിട്ടെങ്കിലും ഒടുവിൽ അഞ്ജുവിന്‍റെ രാജിയിൽ കാര്യങ്ങൾ എത്തിച്ചേർന്നു.
►നാക്കുപിഴകളും വീരകൃത്യങ്ങളും◄
ബോക്സിംഗ് ഇതിഹാസം മുഹമ്മദലി മരിച്ചപ്പോൾ അനുസ്മരണം ചോദിച്ചു വിളിച്ച സ്വകാര്യ ചാനലിന് ജയരാജൻ നൽകിയ പ്രതികരണം അന്നും ഇന്നും സമൂഹമാധ്യമങ്ങൾ ആഘോഷിക്കുന്നതാണ്. മുഹമ്മദലി കേരളത്തിനുവേണ്ടി മെഡലുകൾ നേടിയ മഹാനായ കായികതാരമാണെന്നായിരുന്നു ജയരാജൻ തട്ടിവിട്ടത്.
ജയരാജന്‍റെ ‘പരിപ്പുവടയും കട്ടൻചായയും’ പ്രയോഗം സിപിഎമ്മിനെ വിമർശിക്കാൻ എതിരാളികൾ ഇന്നും ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുന്നതാണ്. 2007ൽ മൊറാഴയിൽ നടന്ന ഒരു പൊതുസമ്മേളനത്തിലായിരുന്നു ജയരാജന്‍റെ പരാമർശങ്ങൾ. 50 വർഷം മുന്പത്തേതുപോലെ പരിപ്പുവടയും കട്ടൻചായയും കഴിച്ചു പാർട്ടി പ്രവർത്തനം നടത്താൻ ഇന്നത്തെ കാലത്തു സാധിക്കില്ലെന്നായിരുന്നു ജയരാജൻ പ്രസംഗിച്ചത്. അങ്ങനെ പോയാൽ പാർട്ടിക്കു കേഡറുകളെ കിട്ടില്ലെന്നും ജയരാജൻ പറഞ്ഞു.
ഇൻഡിഗോ വിമാനത്തിൽ മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനെതിരേ പ്രതിഷേധിച്ച യൂത്ത് കോണ്ഗ്രസ് പ്രവർത്തകരെ തട്ടിത്തെറിപ്പിക്കുന്ന ജയരാജന്‍റെ പ്രകടനം ചെറുപ്പക്കാരെ പോലും അതിശയിപ്പിക്കുന്നതായിരുന്നു. കഴുത്തിനു പിന്നിൽ വെടിയുണ്ടയുമായി കഴിയുന്നു എന്നു പറയുന്ന ജയരാജനായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രിയെ സംരക്ഷിക്കാൻ വെടിച്ചില്ലായി മാറിയത്.
ജയരാജന്‍റെ പ്രകടനം പക്ഷേ വിമാനത്തിലെ നിയമങ്ങൾക്കു നിരക്കുന്നതായിരുന്നില്ല. അദ്ദേഹത്തിന് ഇൻഡിഗോ കന്പനി മൂന്നാഴ്ചത്തെ യാത്രാവിലക്ക് ശിക്ഷയായി വിധിച്ചു. ജയരാജനും വിട്ടുകൊടുത്തില്ല. അദ്ദേഹം ഇൻഡിഗോയെ വിലക്കി. ഇതുപോലെ വൃത്തികെട്ട, നിലവാരമില്ലാത്ത വിമാനക്കന്പനി വേറെയില്ലെന്നും പറഞ്ഞു.
ഒടുവിൽ ബിജെപി ബന്ധത്തിന്‍റെ പേരിലുയർന്ന വിവാദം പാർട്ടിക്കു വച്ചുപൊറുപ്പിക്കാവുന്നതായിരുന്നില്ല. അതു ജയരാജന്‍റെ പടിയിറക്കത്തിലേക്ക് എത്തിക്കുകയും ചെയ്തു.