പുതുതായി 12 ഇടവകകളും മിഷൻ സ്റ്റേഷനുകളും അതിരൂപതയ്ക്കുള്ളിൽ ആരംഭിച്ചു. വലിയ ഇടവകകളെ ചെറുതാക്കി അജപാലനപ്രവർത്തനം ശക്തിപ്പെടുത്തുക എന്നതായിരുന്നു പിതാവിന്‍റെ കാഴ്ചപ്പാട്. ധാരളം പള്ളികൾ നവീകരിച്ചു പുനഃപ്രതിഷ്ഠിച്ചു. പള്ളിമേടകൾ, പാരിഷ് ഹാളുകൾ തുടങ്ങിയവയും ഇടവകകളിൽ ധാരാളം നിർമിക്കപ്പെട്ടു. അതിരൂപതയിലെ അജപാലനപ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ഏകോപനവും തുടർച്ചയും ലക്ഷ്യംവച്ചുകൊണ്ട് ആരാധാനാവത്സരക്രമത്തോടു ചേർന്നുപോകുന്ന വിധത്തിൽ പഞ്ചവത്സര അജപാലനപദ്ധതി പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ഓരോവർഷവും ഓരോ വിഷയങ്ങളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ അജപാലന പ്രവർത്തനങ്ങൾ ക്രമീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. അതിരൂപതയിലെ വൈദികരുടെ എണ്ണം 507ലേക്ക് ഉയർന്നു. പിതാവ് 293 വൈദികർക്ക് ഇതുവരെ തിരുപ്പട്ടം നൽകിയിട്ടുണ്ട്.
അജപാലനമേഖലയിൽ ഉള്ള വെല്ലുവിളികൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനും പരിഹാരങ്ങൾ നിർദേശിക്കുന്നതിനുമായി ജാഗ്രതാ സമിതി രൂപീകരിച്ചു. കുട്ടികൾ തീവ്രവാദം, പ്രണയക്കെണി, നിരീശ്വരവാദം തുടങ്ങിയവയിൽ അകപ്പെട്ടുപോകാതിരിക്കാൻ ബോധവത്കരണത്തിനായി വിശ്വാസബോധിനി എന്ന പരിപാടി ആരംഭിച്ചു.
ചങ്ങനാശേരി ആഗോള പ്രശസ്തിയിലേക്ക്പൗരസ്ത്യ സുറിയാനി പാരന്പര്യത്തിനും സീറോമലബാർ ആരാധനാക്രമത്തിനും വളരെയധികം പ്രാധാന്യം നൽകുന്ന മാർ പെരുന്തോട്ടം അതിരൂപതയുടെ സാരഥ്യം ഏറ്റെടുത്ത ഉടൻതന്നെ ആരാധനാവത്സര മാർഗരേഖ പുറത്തിറക്കി. പിന്നീട് നിരണം തീർഥാടനകേന്ദ്രത്തിന് അനുയോജ്യമായ പള്ളി നിർമിച്ചു. കരുവള്ളിക്കാട് കുരിശുമല ക്രമീകരിക്കുകയും നാല്പതാം വെള്ളി തീർഥാടനം നടത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. ചന്പക്കുളം സെന്‍റ് മേരീസ് പള്ളി ബസിലിക്കയായി മാർപാപ്പ ഉയർത്തി. കുടമാളൂർ സെന്‍റ് മേരീസ് പള്ളി മേജർ ആർക്കി എപ്പിസ്കോപ്പൽ പദവിയിലേക്ക് ഉയർത്തപ്പെട്ടു. അരമനചാപ്പൽ നവീകരിച്ചു മനോഹരമാക്കി. പാറേൽ മരിയൻ തീർഥാടനകേന്ദ്രത്തിന്‍റെ നവീകരണപ്രവർത്തനങ്ങൾ നടന്നുവരുന്നു. അതിരൂപതാംഗങ്ങളായ അൽഫോൻസാമ്മയും ചാവറയച്ചനും വിശുദ്ധപദവിയിലേക്ക് ഉയർത്തപ്പെട്ടതു പിതാവിന്‍റെ കാലഘട്ടത്തിലാണ്. പുത്തൻപറന്പിൽ തൊമ്മച്ചൻ, മാർ മാത്യു കാവുകാട്ട്, മാർ തോമസ് കുര്യാളശേരി, മദർ ഷന്താൾ എസ്എബിഎസ് എന്നീ പുണ്യാത്മാക്കളുടെ നാമകരണ നടപടികൾ പുരോഗമിച്ചുവരുന്നു.
അല്മായ ശക്തീകരണത്തിൽ പ്രഥമശ്രദ്ധആർച്ച്ബിഷപ് മാർ ജോസഫ് പെരുന്തോട്ടം ചങ്ങനാശേരി അതിരൂപതയിലെ പുന്നത്തുറ സെന്‍റ് തോമസ് ഇടവക പെരുന്തോട്ടത്തിൽ ജോസഫ്-അന്നമ്മ ദന്പതികളുടെ ആറു മക്കളിൽ ഏറ്റവും ഇളയ പുത്രനായി 1948 ജൂലൈ അഞ്ചിനാണ് ജനിച്ചത്. ബേബിച്ചൻ എന്നായിരുന്നു വിളിപ്പേര്. കൊങ്ങാണ്ടൂർ സെന്‍റ് തോമസ് എൽപി സ്കൂൾ, പുന്നത്തുറ സെന്‍റ് ജോസഫ് ഹൈസ്കൂൾ, ചങ്ങനാശേരി എസ്ബി കോളേജ് എന്നിവിടങ്ങളിലായിരുന്നു വിദ്യാഭ്യാസം.
ചങ്ങനാശേരി പാറേൽ സെന്‍റ് തോമസ് മൈനർ സെമിനാരി, കോട്ടയം വടവാതൂർ സെന്‍റ് തോമസ് അപ്പസ്തോലിക് സെമിനാരി എന്നിവിടങ്ങളിലെ വൈദികപഠനത്തിനു ശേഷം 1974 സിസംബർ 18ന് മാർ ജോസഫ് പവ്വത്തിൽ പിതാവിന്‍റെ കൈവയ്പുവഴി പൗരോഹിത്യം സ്വീകരിച്ചു. തുടർന്ന് കൈനകരി, പുളിങ്കുന്ന് പള്ളികളിൽ അസി. വികാരിയായി സേവനം അനുഷ്ഠിച്ചു.
അതിരൂപതാ മതബോധനകേന്ദ്രമായ സന്ദേശനിലയത്തിന്‍റെ ഡയറക്ടർ, ക്രിസ്ത്യൻ തൊഴിലാളി സംഘടനയുടെ ചാപ്ലയിൻ തുടങ്ങിയ നിലകളിൽ ശുശ്രൂഷചെയ്തു. ഈ കാലയളവിലാണ് ഇപ്പോഴും തുടരുന്ന സിഎൽടി എന്ന അധ്യാപക പരിശീലന പരിപാടി അദ്ദേഹം ആരംഭിക്കുന്നത്. 1983ൽ അദ്ദേഹം റോമിലെ ഗ്രിഗോറിയൻ യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിൽ ഉപരിപഠനത്തിനായി പോവുകയും സഭാചരിത്രത്തിൽ ഡോക്ടറേറ്റ് നേടുകയും ചെയ്തു.
തിരികെ എത്തിയശേഷം വടവാതൂർ സെമിനാരി, മാങ്ങാനം എംഒസി എന്നിവിടങ്ങളിൽ പ്രഫസർ, കൊടിനാട്ടുകുന്ന് പള്ളി വികാരി എന്നീ ശുശ്രൂഷകളിൽ ഏർപ്പെട്ടു. പെരുന്തോട്ടം പിതാവ് കൊടിനാട്ടുകുന്നു പള്ളി വികാരിയായിരിക്കുന്പോഴാണ്, ഇന്ന് കുടുംബക്കൂട്ടായ്മകൾ എന്നറിയപ്പെടുന്ന BCC (Baisic Christian Communtiy) ക്ക് ആരംഭം കുറിക്കുന്നത്.
ഈ അവസരത്തിൽ തന്നെയാണ് വത്തിക്കാന്‍റെ അനുവാദത്തോടെ അല്മായർക്ക് ദൈവശാസ്ത്രത്തിൽ എംഎ വരെ പഠിക്കാനുതകുന്ന മാർത്തോമ്മാ വിദ്യാനികേതൻ ആരംഭിക്കാൻ അദ്ദേഹം പ്രേരകമാകുന്നതും അതിന്‍റെ ഡയറക്ടറായി ചുമതല ഏൽക്കുന്നതും. വിശ്വാസപരമായ സംശയങ്ങൾക്കു മറുപടി പറയാനായി സത്യദർശനം ദ്വൈവാരിക ആരംഭിച്ചതും ഇതോടനുബന്ധിച്ചാണ്.
മുകളിൽപറഞ്ഞ കൂട്ടായ്മകളിലൂടെയും മാർത്തോമ്മാ വിദ്യാനികേതനിലൂടെയുമാണ് ഇന്നു പ്രമുഖരായ പല അല്മായനേതാക്കളും പ്രസംഗങ്ങൾ പരിശീലിച്ചതും ദൈവശാസ്ത്രം അഭ്യസിച്ചതും. അദ്ദേഹം പൊങ്ങ മാർ സ്ലീവാ പള്ളി വികാരി, പാസ്റ്ററൽ കൗണ്‍സിൽ, പ്രസ്ബിറ്ററൽ കൗണ്‍സിൽ എന്നിവയുടെ സെക്രട്ടറി, സീറോമലബാർ സഭയിലും രൂപതയിലും ആരാധനക്രമപരമായ വിവിധ ചുമതലകൾ തുടങ്ങിയ കർത്തവ്യങ്ങളും നിർവഹിച്ചു.
വൈദികനായപ്പോൾ മുതൽ അല്മായ ശക്തീകരണമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ പ്രഥമശ്രദ്ധ. 2002 ഏപ്രിൽ 24ന് അദ്ദേഹം ചങ്ങനാശേരി അതിരൂപതാ സഹായമെത്രാനായി നിയോഗിക്കപ്പെട്ടു.
വിശ്വാസപരിശീലനത്തിൽ വിട്ടുവീഴ്ചയില്ലാത്ത നിലപാട്വിശ്വാസപരിശീലനത്തിൽ വിട്ടുവീഴ്ചയില്ലാത്ത നിലപാടാണ് മാർ പെരുന്തോട്ടം സ്വീകരിച്ചുപോന്നത്. വിദ്യാനികേതൻ, സന്ദേശനിലയം എന്നിവയിലൂടെ വിശ്വാസപരിശീലനം തുടർന്നുവരുന്നു. സന്ദേശനിലയം കെട്ടിടം നവീകരിച്ച് കൂടുതൽ സൗകര്യപ്രദമാക്കി. ഓരോ സംഘടനയും വിശ്വാസപരിശീലനവേദിയാണ് എന്ന കാഴ്ചപ്പാടാണ് പിതാവിനുള്ളത്. നൂറുമേനി വചനമനഃപാഠപദ്ധതി ആരംഭിച്ചു. അതിരൂപതാതല ബൈബിൾ കണ്‍വൻഷൻ 25 വർഷമായി നടത്തിവരുന്നു.
വിദ്യാഭ്യാസംപുന്നപ്ര മാർ ഗ്രിഗോറിയസ് കോളജിന്റെ സ്ഥാപനം, തിരുവനന്തപുരം കുറ്റിച്ചൽ ലൂർദ് മാതാ എൻജിനിയറിംഗ് കോളജിന്റെ ഏറ്റെടുക്കൽ, എസ്ബി, അസംപ്ഷൻ കോളജുകൾക്കു ലഭിച്ച ഓട്ടോണമസ് പദവി തുടങ്ങിയവ പെരുന്തോട്ടം പിതാവിന്‍റെ കാലത്തെ പ്രധാന വിദ്യാഭ്യാസ നേട്ടങ്ങളാണ്. അതിരൂപതാ മാനവവിഭവശേഷി വികസന ട്രസ്റ്റ്, സിവിൽ സർവീസ് കോച്ചിംഗ് സെന്‍റർ എന്നിവയും പ്രവർത്തനമാരംഭിച്ചു. കുട്ടികളിൽ സർക്കാർ ജോലികളോട് ആഭിമുഖ്യം വളർത്താൻ അപ്പോസൽ, ദിശ എന്നീ പദ്ധതികൾ ആരംഭിച്ചു.